Aegean Airlines Flüge gibt es seit dem Jahre 1992

Zwei Jahre später, also 1994, startet Aegean Airlines Flüge für VIPs von Griechenland zu weltweiten Zielorten in privaten Lear-Jets. In diese Jets investiert die Fluggesellschaft eine Menge Geld. Im März 1999 erhält die Aegean Airlines ihren heutigen Namen, nachdem sie zuvor offiziell Aegean Aviation genannt wurde. Zwei Monate später gibt es die ersten Aegean Airlines Flüge mit neuen Flugzeugen von Griechenlands Hauptstadt in zwei griechische Städte. Für eine schnelle und komfortable Flugreise verfügen diese Jets über vier lautlose Motoren.

Flüge in zwei weitere Metropolen bietet Aegean Airlines erstmals im Juni 1990 an. Im Oktober 1990 weitet Aegean Airlines das Streckennetz um drei neue Zielorte aus. Ende des Jahres übernimmt Aegean Airlines eine andere griechische Fluglinie. Vergrößert wird die Airline ferner durch den Kauf eines vierten Jets. Als neue Zielorte gesellen sich zwei weitere Städte des Peloponnes hinzu. Im Mai 2000 wird der elfte Zielort in das Streckennetz der Airline aufgenommen, nachdem Aegean erneut expandiert hatte. Im Juli 2000 und der Entgegennahme von zwei neuen Jets fliegt Aegean jetzt mit sechs neuen Fliegern elf Zielorte in ganz Griechenland an und das mit insgesamt mehr als 80 Starts und Landungen täglich.

Nachdem Aegean Airlines mit einer weiteren griechischen Fluglinie fusioniert, kommen im April 2001 zu den elf griechischen Zielorten sieben ausländische hinzu. Auch auf Auslandsreisen bietet Aegean ab November 2001 die Business-Class an. Mit einer italienischen Fluggesellschaft unterschreibt Aegean im September 2003 ein Abkommen über die Verwendung gemeinsamer Codes (code-share) auf ausgewählten Flügen ihrer Streckennetze sowie über eine kommerzielle Kooperation. Somit kann die Fluglinie nicht nur seinen Fluggästen ein umfassendes Angebot bieten, sondern auch seine Präsenz auf dem Apennin verstärken. Einen weiteren Kooperationsvertrag unterzeichnet Aegean mit der größten belgischen Fluglinie, so dass auch diese beiden Airlines Flüge im Code-share-Verfahren innerhalb ihrer Netze anbieten. Seit Oktober 2009 gibt es ebenfalls eine Zusammenarbeit mit einer Tochter der größten deutschen Fluglinie.